ATAC-seq是通過在活細胞或速凍組織中添加Tn5轉(zhuǎn)座酶，對細胞核內(nèi)的開放的核染色質(zhì)區(qū)域進行切割，再結(jié)合高通量測序技術(shù)來研究染色質(zhì)的可進入性。該技術(shù)能在全基因組水平鑒定染色質(zhì)開放區(qū)域。
CUT&Tag是原位研究蛋白-DNA互作的新技術(shù)，通過Protein G/A-tn5與基因組上特定蛋白結(jié)合，實現(xiàn)定點切割與測序接頭插入，通過測序獲得蛋白-DNA互作信息。該技術(shù)能在一定程度上替代ChIP-seq。
ChIP-seq是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典技術(shù)，可在全基因組范圍內(nèi)全面分析蛋白與DNA之間的相互作用，普遍應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點或組蛋白修飾位點的研究。
Hi-C是用于研究基因組三維空間結(jié)構(gòu)的新技術(shù)，能清楚地解析染色質(zhì)A/B疆域、TAD、loop等三維遠程互作信息，通過與ChIP-seq、ATAC-seq等表觀數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，能解析出調(diào)控元件及其遠程互作。
HiChIP和ChIA-PET都是研究特定蛋白介導(dǎo)的基因組三維結(jié)構(gòu)新技術(shù)。其技術(shù)原理是在細胞核進行原位酶切和連接，再結(jié)合ChIP實驗實現(xiàn)對特定蛋白介導(dǎo)的基因組遠程互作進行精細捕獲，都具有很高分辨率。
Capture Hi-C技術(shù)是在Hi-C文庫的基礎(chǔ)上增加了一個特定探針捕獲的過程。其原理是針對目標區(qū)域，設(shè)計探針，然后再利用探針從常規(guī)Hi-C文庫中捕獲目的片段進行測序，該技術(shù)的好處是能解析特定區(qū)域的遠程互作。
GRID-seq是一種全基因組范圍內(nèi)分析DNA-RNA相互作用的新方法，通過該技術(shù)研究，能夠在全基因組水平鑒定參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控的RNA，并能在全基因組水平解析lncRNA的功能。
DNA甲基化是發(fā)生在堿基序列上的一種化學(xué)修飾，甲基化能在不改變DNA序列的情況下，影響基因的表達。通過重亞硫酸鹽處理，再結(jié)合通量測序手段可以鑒定出基因組甲基化位點。
湖北省武漢市武漢軟件新城3期D5棟4樓
market@yingzigene.com
